用右旋糖酐硫酸酯钠减少仔猪结肠炎肠组织样本中基因表达的定量干扰的纯化方法

Kaitlyn M Sommer，Youngsoo Lee，Sharon M Donovan，Ryan N Dilger

右旋糖酐硫酸酯钠（DSS）是多种动物模型中诱导肠道（即结肠）炎症的常用药物。然而，已知在使用定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）方法时DSS会造成干扰，从而使精确测量组织基因表达失效。因此，本研究的目的是确定不同的mRNA纯化方法是否会减少DSS干扰。

在出生后（PND）27或28天收集未给予DSS的猪（对照组）的结肠组织样本，以及从PND 14到18天接受1.25 g DSS/kg BW/d的两个独立组的猪（DSS-1和DSS-2）的结肠组织样本。收集的组织样本随后分为3种纯化方法（即9个总处理×方法组合），包括：1）不纯化，2）氯化锂（LiCl）纯化，或3）旋转柱过滤纯化。所有数据采用SAS的混合程序中的单因素方差分析进行分析。

在所有三个体内组中，所有处理组的平均RNA浓度在1,300 ~ 1,800 μg/μL。尽管不同纯化方法之间存在统计学差异，但对于所有处理组，260/280和260/230比值分别处于可接受范围2.0 ~ 2.1和2.0 ~ 2.2之间。这证实了RNA的质量是足够的，不受纯化方法的影响，并且表明没有苯酚、盐和碳水化合物污染。对于未接受DSS的对照组猪，qRT-PCR获得了4种细胞因子的Ct值，但这些值没有被纯化方法改变。对于接受了DSS剂量的猪，那些组织要么没有纯化，要么使用LiCl纯化，都不能产生适用的Ct值。然而，当DSS处理猪的组织进行离心柱纯化时，DSS-1和DSS-2组有一半的样本产生了合适的Ct值。因此，离心柱纯化似乎比LiCl纯化更有效，但没有任何方法是100%有效的，因此在解读动物暴露于DSS诱导的结肠炎研究的基因表达结果时应谨慎。

2023，JAS，101：skad202

https://doi.org/10.1093/jas/skad202